威尔希望父亲能够重新恢复，威尔试图说服老领导斯蒂芬重新药物研究，希望新药物能够消除ALZ-112的药物的副作用，斯蒂芬默许了威尔的建议。威尔重新开始了新药物的研制，选中了一个新的大猩猩做实验，实验中富兰克林误吸入了药物气体，但当时并没有症状。
凯撒在猩猩管理所的生活很不如意，被关进笼子了很不习惯，也被众多大猩猩欺负，凯撒也在学会适应群体生活。
威尔的新药物研制的很顺利，大猩猩的智力有了大幅的提高，斯蒂芬在没有告知威尔的情况下开始了新药物的批量生产，威尔告知新药物还没有进行人体试验，斯蒂芬却没有听进去，继续着试验。
凯撒发现了猩猩管理所里的一只红毛大猩猩也会手语，红毛猩猩告诉凯撒不喜欢太聪明的猩猩。凯撒在管理所里边逐步的适应生活，而且不断观察学习，分析人们的行为。猩猩管理员喜欢虐待猩猩，带几个朋友来所里玩，为了逗乐朋友把高压电棒接到了铁丝网猩猩们被电的一阵尖叫。猩猩们恨透了管理员。凯撒偷到了一把小刀，用小刀撬开了自己的笼门，并且放出了最大的大猩猩，因为凯撒的聪明凯撒成为了管理所里名副其实的猩猩头。威尔父亲最终离开了人世，威尔很遗憾没有让父亲延长生命。
斯蒂芬没有告知威尔而进行药物的批量生产让威尔很生气，退出了实验室研究。富兰克林因为吸入新药物而生病，并且越来越重，最后被发现死在家中。威尔越来越想念凯撒一块的生活，花钱想让凯撒回到自己身边，但凯撒因为成为了猩猩的头儿所有不愿回去，凯撒还有更大的梦想，凯撒要救所有的猩猩回到大森林里去。
