1991年2月，邓丽君发表日文单曲《悲しみと踊らせて》（《与悲伤共舞》）；3月，邓丽君自费返台赴金门劳军；12月，邓丽君受邀出席日本第42回“红白歌合战 ；专辑《90ベストコレクション-涙の条件》获日本唱片协会“日本金唱片大赏专辑赏”。1992年5月，邓丽君发表日文单曲《爱の阳差》（《爱的阳光》）；6月，邓丽君在巴黎纪念会中与众人合唱《血染的风采》。
1994年6月，邓丽君带病返台参加庆祝陆军官校70周年庆“永远的黄埔”纪念晚会 ；10月，邓丽君于香港出席“双十庆典大会”，与罗大佑合唱《梅花》 ；11月，邓丽君中日文双语单曲《夜来香》于日本发行；12月，邓丽君婉拒日本“红白歌合战”的第四度邀请，希望把机会留给新人。
1995年5月12日，李登辉颁发象征最高荣誉的“华夏一等奖章”表彰其艺术贡献 ；5月19日，李登辉特颁“艺苑扬芬”挽额表彰其歌唱成就 ；5月23日，侨委会颁发“华光奖章”表彰其海外演艺荣誉 ；5月28日，台北第一殡仪馆举行邓丽君公祭仪式；邓丽君安睡于可保遗体50年完好的
水晶铜制棺木之中，灵柩获覆盖国民党党旗，安葬于台北金宝山“筠园（邓丽君纪念公园）” 。10月14日，台湾邓丽君文教基金会成立 ；香港乐坛追认授予邓丽君“金针奖” ；11月25日，全日本有线放送大赏追认授予邓丽君“特别功劳赏”；12月1日，日本有线大赏追认授予邓丽君“有线功劳赏”；12月31日，日本唱片大赏追认授予邓丽君“特别功劳赏”；同年底，日本《日刊时报》根据全国各地卡拉OK点唱数据做出“日本卡拉OK点唱十大演歌”统计报告，邓丽君日语代表作《时の流れに身をまかせ》、《别れの予感》、《つぐない》位列其中，分列第1位、第3位和第5位 。
1996年，台湾金曲奖追认授予邓丽君特别贡献奖；专辑《Super Selection》获日本唱片协会“日本金唱片大赏专辑赏” 。1997年，邓丽君专辑《Recollection～追忆～》获日本唱片协会“日本金唱片大赏专辑赏” 。
1998年1月19日，邓丽君日文歌曲《时の流れに身をまかせ》作为唯一非日籍歌手的演唱作品入选“20世纪中感动全日本的歌曲”，位居第16位；4月，邓丽君获选《天下杂志》“400年来对台湾最具影响力的50位人物”第19位，成为榜单排名最高的文艺界人士。
1999年，邓丽君演唱的《月亮代表我的心》位居“香港20世纪十大中文金曲”评选活动榜首；邓丽君获选马来西亚《南洋商报》“华语流行歌坛世纪100人”第1名；同年，邓丽君被写入《百年歌坛巨星》一书。
2001年7月，《忘不了inoubliable邓丽君最后录音》纪念专辑正式发行；10月23日，香港天文学家杨光宇以邓丽君的英文名Teresa Teng为“小行星42295号”命名。2003年1月，香港电台借颁发“金曲银禧荣誉大奖”，表彰为香港乐坛发展做出努力的25位音乐人，邓丽君作为非香港人士入选其中。
2007年，邓丽君作为非日本籍歌手入选日本古贺政男音乐博物馆“日本大众音乐殿堂”。2008年11月24日，邓丽君入选由南方报业传媒和《南方都市报》举办的“改革开放30年30位风云人物”评选活动 ；12月17日，由《新周刊》协同网络、电视、报刊等媒体联手缔造的中国娇子新锐榜揭晓，邓丽君当选“30年十大中国骄子”之一 。
2009年，中国网举办“新中国60年最有影响力文化人物网络评选”活动，评选分文学、影视、音乐、美术、戏剧、舞蹈、曲艺、文化学者8类，共192位候选人，邓丽君以850万余票的得票数位居榜首 ；同期邓丽君当选凤凰网“60年国家标志人物”之一 ；同年，邓丽君日语歌曲《时の流れに身をまかせ》和《つぐない》入选“大日本歌谣史--昭和50名曲”，分列第5位和第20位。
2010年，邓丽君被搜狐等多家华文媒体评选为“新中国最有影响力的女性” ；4月22日，邓丽君纪念文物馆在台湾高雄开馆 ；8月2日，邓丽君被美国CNN评选为“过去50年里全球最知名的20位音乐家”之一 ；11月6日，邓丽君获选为2010年台北国际花卉博览会名人馆代表 ；12月12日，邓丽君入选华语金曲奖“30人30歌30碟”活动三份榜单 ；12月22日，邓丽君音乐生活馆在北京开馆。2011年3月3日，邓丽君在台湾“辛亥百年最受尊敬女性”评选活动中荣获第7名，文艺界第1名 ；同年，在日本2011年发布的“日本女性卡拉OK爱唱的女歌手”统计报告中，邓丽君在日本60岁以上女性中受欢迎度位列第1名，50至59岁女性中受欢迎度位列第2名 。
个人生活
生病住院
1994年12月30日，邓丽君因重感冒伴随支气管炎导致呼吸困难于泰国清迈兰姆医院住院治疗。1995年春节期间，邓丽君返台与家人团聚；配合使用支气管扩张喷剂治疗感冒伴随支气管炎引起的呼吸困难。因病去世
1995年5月8日16时许，邓丽君因长期感冒未愈伴随支气管炎引起支气管哮喘发作，由于交通堵塞延误救治时间和使用支气管扩张喷剂过量，致使脑部重度缺氧和心脏停顿，于泰国清迈兰姆医院接受近45分钟的全力抢救，17时30分许，邓丽君被院方证实错失有效救治时机以致抢救无效逝世，终年42岁 ；5月11日，邓丽君遗体搭载泰航633客机运抵台湾。
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