中央博物院里面的五九档案被盗，整个警察厅都很是焦急，全力追查丢失的档案，霍总长开会的时候提起了程慈航，有意要莫采石把他请来查此案，毕竟程慈航毕业于美国高级警察学院，能力是很出众的，而且还是莫采石的侄子，他的父亲是党国的忠烈，作为合适不过。但是莫采石不想程慈航参与此案，手下的严达庆也跟着符合不赞同，莫采石不顾霍总长的愤怒直接指认严达庆全权负责此事。

严达庆是霍总长的学生，霍总长推荐程慈航调查此案就是想把案子的责任全部推倒莫采石那边，可惜骄傲自大的严达庆却不会审视夺度，竟然自信的揽下这个案子。

欧阳倩和关天平都担心昨天抓的人会是霍总长嘴里说的那个程慈航，为了试探程慈航的真实身份，欧阳倩把老刘负责的案子接过来让程慈航分析一下，看过现场的程慈航一眼就看出了死者的哥哥才是杀人的凶手，破案的关键都是那块旧的怀表。

程慈航还原了现场，给欧阳倩等人叙述了案子的很多可疑之处，分析的头头是道，那个真正的凶手被堵得哑口无言，最后承认了一切。程慈航再次表明自己的身份，还提出可以带着他去见莫采石，这样身份自然可以得到验证。

程慈航从自己的箱子里拿出了证明自己身份的证据，还解释自己卷入此事是因为仇恨，杀他女朋友的人就和那群日本人有关，再多的就没有再透漏。程慈航去了莫叔叔家里，通过莫婶婶还是知道了欧阳倩的名字。

文件丢了，日本人也很是焦急，一直在暗地里寻找文件的下落。欧阳倩也在查档案的下落，要拿到资料向世人公布日军用中国人做活体实验的证据，给师姐说了自己的想法，准备利用程慈航追查五九档案的下落。

程慈航去了中央博物馆勘查现场，找到了门上的磁铁，还有墙脚边可疑的脚印。两个日本人去抓程慈航，失败之后咬舌自尽。程慈航给欧阳倩分析偷走档案的是两个人，一胖一瘦，两人根据地上带着煤迹的脚印追查到了南京一处煤矿处。

霍总长的女儿霍蜜儿被歹徒绑架，刚好路过的程慈航出手救下了她。程慈航手里有一小块小玉用生命换来的五九档案的资料，小玉临死前就托付程慈航好好保护资料，揭露日本人的罪行。