凯撒因为掌握了进出管理所的方法，但他不想自己单独逃出去，他希望带所有的猩猩出去，凯撒细心观察进出管理所大门的密码，机会终于来了，一天晚上，凯撒发现密码后偷偷回到了威尔的家，偷走了最新的药物，把药物带进了管理所，让每一个猩猩呼吸新药物，提高他们的智力。
管理员发现猩猩的偷逃行为后出来制止，但很快被凯撒和众猩猩制服，并打开了所有猩猩的笼门，带领着众猩猩逃出了管理所。威尔发现凯撒回过家后很快赶到了猩猩管理所，发现管理员被袭击，在猩猩管理所大家目睹了凯撒制服管理员的录像，都被惊呆了。威尔知道凯撒要带猩猩们往哪里去，尽快赶往了新药物实验室，救出了众多的猩猩。
警察在斯蒂芬的指引下追击猩猩群，众多大猩猩到动物园救走的大量大猩猩，壮大了大猩猩的队伍，在凯撒的带领下越战越勇。大猩猩在凯撒的带领下往红树林方向进军。
凯撒带领下的大猩猩和警察相遇到一座桥上，凯撒指挥猩猩分路行走，一部分从桥顶走，一部分从桥下走，在警察阻击的附件突然跳出来和警察展开了殊死的搏斗，斯蒂芬所乘坐的分机被大猩猩跳了上去，飞机和大桥相撞，斯蒂芬掉入水中。凯撒继续带领猩猩往红树林行进。
威尔追随凯撒进入了红树林，凯撒认出了威尔，威尔提出带领凯撒回家，凯撒说：这树林就是我的家。最终凯撒带领猩猩开始真正的树林生活。
